HTML — это стандартный язык разметки для построения веб-страниц, дающий точный контроль над каждым элементом с помощью тегов. Markdown же — это нотация, которая позволяет записывать тот же HTML гораздо более простыми символами.
Если вам нужна только структура документа (заголовки, списки, ссылки), Markdown быстр и легко читается. Когда нужны сложная вёрстка, определённые атрибуты или контроль стилей, лучше HTML. Удобно, что HTML можно и вставлять прямо внутрь Markdown.
Писать на Markdown и преобразовывать в HTML при публикации — самый распространённый рабочий процесс. И наоборот, приведённый в порядок в Markdown скопированный из веба HTML удобно повторно использовать как заметки или документацию.
AG MD поддерживает преобразование в обоих направлениях, поэтому вы можете переключаться между форматами по мере необходимости.