HTML é a linguagem de marcação padrão para construir páginas web, dando controle detalhado sobre cada elemento por meio de tags. O Markdown, por outro lado, é uma notação que permite escrever esse HTML com símbolos muito mais simples.
Se você precisa apenas da estrutura do documento (títulos, listas, links), o Markdown é rápido e fácil de ler. Quando precisa de layout complexo, atributos específicos ou controle de estilo, o HTML é melhor. Convenientemente, você também pode misturar HTML diretamente dentro do Markdown.
Escrever em Markdown e converter para HTML na publicação é o fluxo de trabalho mais comum. Por outro lado, organizar em Markdown o HTML copiado da web facilita reutilizá-lo como notas ou documentação.
O AG MD suporta a conversão em ambas as direções, então você pode alternar entre os formatos conforme a situação exigir.